દ્વાપરયુગમાંનો આ પ્રસંગ છે. તે સમયગાળામાં આ પ્રદેશમાં મોટા પ્રમાણમાં દુકાળ પડ્યો હતો. વરુણદેવની કૃપા થઈને આ દુકાળનું નિરસન થાય અને વરસાદ પડે, તે માટે અગસ્તિ ઋષિએ આ ઠેકાણે યજ્ઞનો આરંભ કર્યો.
ત્રિનેત્ર ગણપતિજીનું આ પહેલું મંદિર છે. પંચક્રોશીના ભક્તો કોઈપણ કાર્યનું પહેલું આમંત્રણ શ્રી ગણેશજીને આપે છે.
૫,૫૦૦ વર્ષ પહેલાં શ્રીકૃષ્ણ અને પાંડવોએ આ ગણપતિનું પૂજન કર્યું હતું. ‘આ ગણપતિની પૂજા કર્યા પછી શ્રીકૃષ્ણ ભગવાને દ્વારકામાં રહીને ઘણા વર્ષો સુધી રાજ્ય કર્યું’ એવું કહેવામાં આવે છે.
મહારાજા પ્રતાપ સિંહજીએ વર્ષ ૧૯૧૨માં આ મંદિર બંધાવ્યું હતું. ત્યાર પછી મહારાજા હરિ સિંહજીએ મંદિરની દેખભાળ અને સુશોભીકરણ કર્યું.